Khoảng đầu những năm 2000, Job Dekker đã đưa ra ý tưởng rằng: từ các dữ liệu rất phong phú về tần số tương tác giữa các lô-cut có thể suy ra tổ chức trong không gian của cả bộ gen. Đây là cơ sở cho sự phát triển của ông và các cộng sự trong phòng thí nghiệm Kleckner tại trường Đại học Harvard về hàng loạt các thử nghiệm 3C, được công bố năm 2002.[6]

Sau đó, năm 2006 thì Marieke Simonis đã phát minh ra 4C, rồi Dostie thuộc phòng thí nghiệm Dekker đã phát minh ra 5C. Đến năm 2007, B. Franklin Pugh đã đổi mới kỹ thuật ChIP-seq. Năm 2009, Lieberman-Aiden và Job Dekker đã phát minh ra Hi-C, sau đó là Melissa J. Fullwood đã phát minh ra kỹ thuật ChIA-pet.